8.12.1881: Gründung der Apostolischen Lehrgesellschaft Schon am 8. Dezember 1881 wird die "Apostolische Lehrgesellschaft" ins Leben gerufen. P. Jordan, erst 33 Jahre alt, feiert im Sterbezimmer der Hl. Brigitte von Schweden in Rom Eucharistie. In dieser Feier legen Bernhard Lüthen und Friedrich von Leonhardi in die Hände Jordans ihr Versprechen ab, der 1. Stufe der Apostolischen Lehrgesellschaft beizutreten. Jordan will eine große Gemeinschaft aus allen Ständen bilden, theologische Wahrheiten will er verständlich unter die Menschen bringen - und alle sollen beteiligt sein - auch die Frauen sollen in der Verkündigung mitwirken. Damit ist er seiner Zeit weit voraus.

Er muss noch sehr schwierige Jahre durchstehen und einige Veränderungen hinnehmen, bis seine Gesellschaft kirchlich anerkannt wird.
Dabei gibt es auch zwei Namensänderungen:
1882 Katholische Lehrgesellschaft
1893 Gesellschaft des Göttlichen Heilands (Salvatorianer)
Von Anfang an ist ihm an einer Schwesterngemeinschaft gelegen. Auch hier erlebt Jordan einige Enttäuschungen bis er doch schließlich 1888 gemeinsam mit Therese von Wüllenweber die Salvtorianerinnen gründen kann.

1914 musste das Generalat der Salvatorianer aufgrund des 1. Weltkrieges von Rom in die Schweiz, nach Fribourg auswandern. Keine leichte Zeit für die junge Gründung.

Trotz des Weltkrieges konnte die Gesellschaft aber im Oktober 1915 in Fribourg ihr 3. Generalkapitel abhalten.

P. Franziskus Jordan, der auf dem ersten Generalkapitel zum Generaloberen auf Lebenszeit gewählt worden war, sollte nun das Opfer bringen, auf die Leitung der Gesellschaft zu verzichten. Seine physischen Kräfte waren nicht zuletzt auch durch die vielen Schwierigkeiten rund um die Gründung der salvatorianischen Gemeinschaft erschöpft. Sein Nervenleiden verschlimmerte sich, ebenso sein Magenleiden. Auch Gedächtnis und Aufmerksamkeit ließen nach. Das macht es auch verständlich, dass seine Entschlussfreudigkeit und vor allem seine Entscheidungssicherheit geringer wurden. So forderten und suchten die 16 anwesenden Mitglieder des Generalkapitels eine junge Kraft, der man die Führung der Gesellschaft in dieser schwierigen Zeit aufbürden konnte.
Für P. Jordan war es nicht leicht, sich von einem Tag zum anderen für einen Rücktritt zu entscheiden. Ihn quälte die Sorge, der Geist der Gesellschaft könnte Schaden nehmen, wenn sein Nachfolger nur auf Grund seiner persönlichen Tüchtigkeit gewählt würde, dann aber vielleicht dem salvatorianischen Geist zu wenig Aufmerksamkeit schenken werde. Erst nachdem P. Jordan im ringenden Gebet und auf den Rat seines Seelenführers hin es als Gottes Willen erkannt hatte, sich von der Leitung zurückzuziehen, gab er in schlichter Demut seinen Verzicht bekannt.
Er mischte sich daraufhin nicht mehr in die äußeren Geschäfte der Gesellschaft ein.
P. Franziskus Jordan wusste auch weiterhin sich und sein Werk ganz der gütigen Vorsehung Gottes ausgeliefert.

Am 8. September 1918 stirbt Pater Franziskus Maria vom Kreuze Jordan im Armenspital in Tafers in der Schweiz. Sein Grab befindet sich heute in der Kapelle im Mutterhaus in Rom.